מתקן המטפל בשפכים מכלל מקורות הפליטה באתר.
בשנת 2013, תוך השקעה של מיליוני שקלים, הוקם מתקן טיפול בשפכים ביולוגי בחברת פז שמנים וכימיקלים בע"מ .
עם הקמת המתקן, ריכוז החומרים האורגניים בשפכים (COD) צנח בעשרות אחוזים.
המתקן מסוגל לטפל בשפכים מכלל מקורות הפליטה באתר וזאת ע"י מערכת הולכה מסודרת, אטומה ומבוקרת. קיימות תקנות לריכוזים המותרים לחומרים אורגנים בשפכים. החברה עומדת בערכים אלו ואף בריכוזים נמוכים מתקן המשרד להגנת הסביבה.